Ang totoong teoya na maiuugnay sa kapuluan ng Pilipinas ay ang teoryang "Lemuria" o "Lost Continent." Ayon dito, ang Pilipinas ay maaaring bahagi ng isang mas malaking lupain na nasira sa paglipas ng panahon. Sa mga modernong teorya, ang "Plate Tectonics" ay mas tinatanggap, na nagmumungkahi na ang Pilipinas ay nabuo mula sa pagkilos ng mga tectonic plates. Ang mga proseso ng pag-angat at pag-iba ng lupa ay nagbigay-daan sa pagbuo ng mga pulo sa kapuluan.